目前，制藥企業在工業生產中產生的廢水因其成分復雜、有機物含量高、毒性大、顏色深、含鹽量高，特別是生化性能差、間歇排放，已成為我國污染最嚴重、處理難度最大的工業廢水之一。所謂制藥廢水，正如其名字所示，是制藥工廠生產中藥和西藥時產生的廢水。制藥廢水主要包括抗生素生產(生物制藥)廢水、合成藥物生產(化學制藥)廢水、中醫藥生產廢水、各種制劑生產過程的洗滌水和清洗廢水4種。

制藥廢水的特性藥品的生產過程決定了制藥廢水的特性。在藥物生產過程中，通過化學合成工藝和從藥用植物中分離純化得到生藥。由于藥物種類不同、生產工藝不同、工藝復雜、原輔料數量多、生產過程中原料和中間體質量控制嚴格、凈料收率低、副產物多。

制藥廢水具有成分差異大、成分復雜、污染物量大、化學需氧量高、生化需氧量和化學需氧量比值低、波動大、生物降解性差、難降解物質量大、毒性強、間歇排放、水量和水質及污染物波動大的特點，給處理帶來很大困難。制藥廢水的組成在我國制藥業工業生產關鍵為生物醫藥、有機化學制藥業和中草藥材生產制造、相匹配著上邊提及的抗菌素生產廢水、生成藥品生產制造（有機化學制藥業）污水、中藥方劑生產廢水。

生物制藥采用微生物發酵、過濾、純化各種有機原料，生產各種抗生素、氨基酸和一些藥物中間體的化學制藥采用化學反應工藝，以有機原料、無機原料等為藥物中間體或合成藥物的中藥生產是加工、提取中藥的制劑或中醫藥，生產技術主要包括原料的預處理和提取制劑。制藥廢水的危害雖然制藥廢水的質量因不同的產品、原料和工藝方法而異，但總的來說，制藥廢水是一種有機污染物、有毒物質、難降解物質和高含鹽量的工業廢水。隨機排放會對環境造成很大危害。

制藥廢水處理技術制藥廢水的一般處理方法有物化法、化學法、生化法、其他配套工藝等。由于制藥廢水中含有大量的有機污染物，制藥廢水的質量特性使得大部分制藥廢水僅靠生化處理無法達標。因此，生化處理前必須進行必要的預處理。一般情況下，應調整水質、水量和酸堿度，并根據實際情況采用一些理化或化學方法作為預處理程序，以降低水中的懸浮物、鹽度和部分化學需氧量，減少廢水中的生物抑制物質，提高廢水中的可降解性，從而便于廢水的后續生化處理。