甲醇有較強的毒性，對人體的神經系統和血液系統影響最大，它經消化道、呼吸道或皮膚攝入都會產生毒性反應，甲醇蒸氣能損害人的呼吸道粘膜和視力。急性中毒癥狀有：頭疼、惡心、胃痛、疲倦、視力模糊以至失明，繼而呼吸困難，最終導致呼吸中樞麻痹而死亡。慢性中毒反應為：眩暈、昏睡、頭痛、耳鳴、現力減退、消化障礙。甲醇攝入量超過4克就會出現中毒反應，誤服一小杯超過10克就能造成雙目失明，飲入量大造成死亡。

甲醇的代謝產物甲酸會累積在眼睛部位，破壞視覺神經細胞。腦神經也會受到破壞，產生永久性損害。甲酸進入血液后，會使組織酸性越來越強，損害腎臟導致腎衰竭。 甲醇中毒，通常可以用乙醇解毒法。其原理是，甲醇本身無毒，而代謝產物有毒，因此可以通過抑制代謝的方法來解毒。甲醇和乙醇在人體的代謝都是同一種酶，而這種酶和乙醇更具親和力。

甲醇在體內抑制某些氧化酶系統，抑制糖的需氧分解，造成乳酸和其他有機酸積聚以及甲酸累積，而引起酸中毒。 一般認為，甲醇的毒性是由其本身及其代謝產物所致的。

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