氨氮對水體的危害很大，氨氮是各類型氮中危害影響大的一種形態，是水體受到污染的標志，其對水生態環境的危害表現在多個方面。與COD一樣，氨氮也是水體中的主要耗氧污染物，氨氮氧化分解消耗水中的溶解氧，使水體發黑發臭。氨氮中的非離子氨是引起水生生物毒害的主要因子，對水生生物有較大的毒害，其毒性比an鹽大幾十倍。在氧氣充足的情況下，氨氮可被微生物氧化為亞硝酸鹽氮，進而分解為硝酸鹽氮，亞硝酸鹽氮與蛋白質結合生成亞硝an，具有致癌和致畸作用。同時氨氮是水體中的營養素，可為藻類生長提供營養源，容易導致水體富營養化。
氨氮廢水主要來源于化肥、焦化、石化、制藥、食品、垃圾填埋場等，大量氨氮廢水排入水體不僅引起水體富營養化、造成水體黑臭，給水處理的難度和成本加大，甚至對人群及生物產生毒害作用，針對氨氮廢水的處理工藝（2014年前）有生物法、物化法的各種處理工藝等。
氨氮廢水處理方法通常有物化法、生物脫氮法、生化聯合法等，其中物化法主要分為吹脫法、沸石脫氨法、膜分離技術、MAP沉淀法、化學氧化法； 傳統和新開發的脫氮工藝有A/O，兩段活性污泥法、強氧化好氧生物處理、短程硝化反硝化、超聲吹脫處理氨氮法方法等； 物化方法在處理高濃度氨氮廢水時不會因為氨氮濃度過高而受到限制，但是不能將氨氮濃度降到足夠低（如100mg/L以下）。而生物脫氮會因為高濃度游離氨或者亞硝酸鹽氮而受到抑制。實際應用中采用生化聯合的方法，在生物處理前先對含高濃度氨氮的廢水進行物化處理。
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