一般來說，15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析；
30m的色譜柱是常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成；
50m、60m或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
應該注意，柱長增加，分析時間也相應地增加。
柱內徑的選擇
柱內徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。柱比大口徑柱有更高的柱效，但柱容量更小。
0·25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。
0·32mm：柱效稍低于0·25mm的色譜柱，但柱容量約高60％。
0·53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣。

保存操作

1、如果流動相含有酸或無機鹽，應當先用去離子水（20倍柱體積）沖洗干凈。然后用用乙腈或甲醇保存色譜柱。用柱子的接頭密封，并放在穩定的環境中存放。

2、應避免色譜柱受到直接的機械沖擊或摔落，避免造成色譜柱性能的降低。