從空調設計來看，整個層面可分為非凈化區（包括生活區及設備間等）與凈化區（包括病房與辦公輔房等），凈化區又分為病房負壓區域與辦公正壓區域。通過設置辦公正壓區域，對病房負壓區域形成一種包圍，能有效阻止污染空氣向外傳播。空氣隔離重要的是壓差控制，通過合理的平面設計，在相鄰的不同房間建立壓差，能有效阻止氣體從污染區流向半污染區。在工作區內，護士、醫生辦公室等區域是梯度的高層，而病室衛生間是梯度低層。

為保證排出室外的空氣是安全的，要求負壓排風系統應采用二級過濾（排風口設中效過濾器，排風機組內設高效過濾器）。負壓病區的潔凈不僅是醫療的需要，也是病區負壓狀態的維持的需要，故將病房區與工作區設置為十萬級凈化環境，這對排風系統是一種積極的保護措施。

負壓病房區域的空調系統采用全新風方式，室內空氣不再循環使用，經過濾后直接排至室外。四間負壓病房及病人通道合用一臺送風機組及排風機組。工作區合用一臺送風機組及排風機組。考慮到負壓的特性，空調系統采用以排風優先原則，各區域的送風機與排風機聯動，當負壓病房區域排風機因故障或其他原因停止運轉時，相對應的送風機停止運轉。排風機組內采用一用一備共兩臺風機，并有延時停機功能。負壓病房采用頂送風下排風的氣流組織方式，送風口位于床腳一側上方，排風口位于床頭的一側下方，所形成的單向氣體組織方式，保證醫護人員在病房內進行診療時，始終處于潔凈氣流的上方，降低了感染的可能性。