孵化器的認定遵循自愿申請原則。申請認定區級孵化器，應具備下列條件：

(一)以孵化與培育處于初創階段的科技型小微企業及轉化高新技術成果為宗旨，在開發區注冊的具有獨立法人資格的經營實體;

(二)孵化器擁有職業化的服務隊伍，專業孵化服務人員(指具有創業、投融資、企業管理等經驗或經過創業服務相關培訓的孵化器專職工作人員)占機構總人數 80% 以上;

(三)具有較為完善的培育孵化企業的管理制度和服務功能，有明確的企業入孵條件、畢業標準和退出機制，可為科技創業人員和在孵企業提供商務、信息、咨詢、培訓、市場、投融資、技術開發與合作交流等服務，實際運營時間6個月以上;

(四)可自主支配的孵化場地面積在2000平方米以上(專業孵化器在1000平方米以上)，在孵企業使用的場地面積(含公共服務場地)占70%以上，在孵企業數15家以上(專業孵化器8家以上);大企業自建孵化器根據入駐企業情況，在孵企業數至少3家(含)以上;

(五)孵化器中的在孵企業應有20%以上申請知識產權;

(六)孵化器擁有種子資金或孵化資金，或與金融機構以及創投機構、擔保公司等建立密切聯系，扶持在孵企業的發展;

(七)專業孵化器應有明確的專業發展方向，并建有專業技術服務平臺，擁有專業化的技術咨詢能力和管理能力。

在孵企業應具備的條件：

(一)企業注冊地和主要研發、辦公場所須在所屬孵化器場地內;

(二)申請進入孵化器的企業，成立時間一般不超過24個月;

(三)屬遷入的企業，其產品(或服務)尚處于研發或試銷階段，上年營業收入不超過300萬元人民幣;

(四)在孵時限一般不超過48個月(納入“創新人才推進計劃”及“海外高層次人才引進計劃”的人才或從事生物、集成電路設計、現代農業等特殊領域的創業企業，一般不超過60個月);

(五)在孵企業從事研發、生產的主營項目(產品)，應符合國家及省市產業發展方向和政策，并符合國家環保要求和節能減排標準;

(六)在孵企業開發的項目(產品)，知識產權界定清晰，無糾紛。

畢業企業需具備以下條件中至少一條：

(一)認定為高新技術企業、技術先進型服務企業、軟件企業;

(二)經營狀況良好，連續2年營收累計超過500萬元;

(三)被兼并、收購或在國內外資本市場上市。

區級孵化器的認定，實行常年受理申報、分批認定的方法。申報區級孵化器的基本程序：

由區科技局發布申報通知，運營主體向區科技局提交申報材料，區科技局對申報材料進行審查，初審合格后報管委會進行審批，并在網上公示無異議后，以文件的形式認定為合肥經濟技術開發區科技企業孵化器。

申請區級孵化器認定須報送的材料：

(一)區級孵化器認定申報書;

(二)法人代碼證書或營業執照(副本復印件);

(三)法定代表人個人材料(身份證或有效護照，證書，職稱證書，法人代表證書等);

(四)孵化場地證明材料(采取租賃、合作等方式形成的企業孵化場地，需提供產權方產權證明和相關協議文件);

(五)孵化器各類管理制度及上年度報表;

(六)在孵企業、畢業企業名錄及證明材料;

(七)企業孵化資金證明材料和上年度使用說明;

(八)近兩年成功孵化案例介紹(1-2個);

(九)其他證明材料。

孵化器的管理:

1.區科技局對全區孵化器實行年度統計、績效評估和動態管理，并依據政策對經認定的孵化器及入駐企業給予支持。

2.各類孵化器要建立創業培訓、咨詢和輔導的預孵化制度，堅持“創業導師+專業孵化+創業投資”的孵化模式，探索和推動持股孵化及市場化運行機制。

3.孵化器應完善對在孵企業的問診、巡訪和畢業企業跟蹤制度，延伸服務范圍;建立金融擔保貸款機制，與銀行、投資機構合作，創新面向科技創業企業的金融產品，拓展孵化功能，促進企業的加速成長。

4.孵化器畢業企業或到期尚未畢業企業，應在規定期限內辦理遷出孵化器的有關法律和約定手續。

5.區科技局每年對孵化器進行績效評估。對連續兩年考核不合格的，取消其區級孵化器稱號。