發酵法的原料可以是含淀粉的農產品，如谷類、薯類或野生植物果實等；也可用制糖廠的廢糖蜜；或者用含纖維素的木屑、植物莖稈等。這些物質經一定的預處理后，經水解（用廢蜜糖作原料不經這一步）、發酵，即可制得乙醇。發酵液中的質量分數約為6%~10%，并含有其他一些有機雜質，經精餾可得95%的工業乙醇。生物轉化使用的原料是玉米等糧食作物，但是這些原料的大量使用會影響到糧食安 全，所以秸稈、麩皮、鋸木粉等農業、工業廢棄物等含有大量的木質纖維素，將是很有潛力的乙醇發酵原料。另外，生物燃料的生產過程中，纖維素的預處理和纖維素酶的生產成本較高。因此減少預處理，增強纖維素酶的活性，提高發酵產物的產量和純度，減少中間環節也是降低生產成本的途徑。是將本身可產生纖維素酶的微生物，尤其是厭氧微生物進行改造，使其適應CBP生產的要求。這種策略關鍵在于，提高對乙醇的耐受力，減少副產物的生成，導入新的代謝基因將糖化產物全部或者大部分進行發酵，從而產出高濃度的乙醇。